El projecte GnomAD ajudarà a interpretar els genomes dels pacients

2020/05/27 Agirre Ruiz de Arkaute, Aitziber - Elhuyar Zientzia Iturria: Elhuyar aldizkaria

• Medikuntza
• Genetika

Cada vegada és més freqüent seqüenciar els genomes dels pacients, però després és difícil interpretar les dades i conèixer el mal que poden causar les mutacions que apareixen. No obstant això, a partir d'ara, els experts disposaran d'un important recurs, ja que diverses revistes del grup Nature han publicat els resultats del projecte gnomAD. És el major catàleg públic de varietats genètiques humanes: Recull dades de 140.000 persones.

L'objectiu principal del catàleg és predir l'efecte fisiològic que pot tenir qualsevol mutació que aparegui en el nostre genoma. Pot ser, entre altres coses, una base de dades de referència per a la recerca de malalties estranyes. No obstant això, han anat més enllà de les malalties estranyes: comparant els genomes de la base de dades amb els models matemàtics de les taxes de mutació humana, els investigadors han calculat fins a quin punt cada gen pot causar malalties greus si sofreix mutacions. Per exemple, han identificat quins gens tenen més possibilitats de produir malalties greus com la discapacitat intel·lectual.

D'altra banda, s'han descrit mutacions que provoquen una pèrdua total de la funció del gen. Per a la seva sorpresa han vist que moltes variants estructurals no provoquen el mal esperat. I han vist que alguns gens són especialment sensibles a la duplicació, és a dir, que tenir el gen duplicat és tan perjudicial com la falta de gen.

A més de crear una eina pública de diagnòstic, la base de dades pot ajudar al desenvolupament de medicaments. Perquè a vegades, si un gen no causa mal quan està inactiu, però sí quan apareix la mutació. En aquests casos, la inhibició del gen amb un medicament pot ser una bona solució. Destaquen la possibilitat de trencar aquest nou camí.

De totes maneres, han subratllat que la clau per a poder predir l'impacte d'una mutació és el context cel·lular en el qual es produeixen aquestes variacions, és a dir, en quin percentatge, que han vist grans diferències.

Més enllà de l'exoma

Més de 100 investigadors han participat en el projecte gnomAD, liderat pel MIT i els centres de recerca Harvard and Massachusetts General Hospital. És el resultat de vuit anys de treball. Els autors destaquen la grandària i la diversitat de la base de dades, amb dades de 25.000 persones d'origen asiàtic, 18.000 d'origen llatí i 12.000 d'origen africà o afro-americà.

El projecte GnomAD comptava amb una versió anterior, el projecte ExAC, que només recollia les dades dels exomas. No obstant això, el projecte GnomAD ha tractat de recollir no sols els punts que codifiquen els gens, sinó també les seqüències de les zones no codificadores. De fet, els exomas o espais codificadors suposen només el 1,5% del nostre genoma.

Els autors han reconegut que encara estem molt lluny d'identificar totes les variants genètiques que suposen una pèrdua de funció en l'ésser humà. No obstant això, consideren que permetrà millorar l'avaluació de malalties de base genètica. A partir d'ara, a més d'ampliar la base de dades, l'objectiu és relacionar les dades genètiques amb la informació clínica.