El proyecto GnomAD ayudará a interpretar los genomas de los pacientes

2020/05/27 Agirre Ruiz de Arkaute, Aitziber - Elhuyar Zientzia Iturria: Elhuyar aldizkaria

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Cada vez es más frecuente secuenciar los genomas de los pacientes, pero luego es difícil interpretar los datos y conocer el daño que pueden causar las mutaciones que aparecen. Sin embargo, a partir de ahora, los expertos dispondrán de un importante recurso, ya que varias revistas del grupo Nature han publicado los resultados del proyecto gnomAD. Es el mayor catálogo público de variedades genéticas humanas: Recoge datos de 140.000 personas.

El objetivo principal del catálogo es predecir el efecto fisiológico que puede tener cualquier mutación que aparezca en nuestro genoma. Puede ser, entre otras cosas, una base de datos de referencia para la investigación de enfermedades raras. Sin embargo, han ido más allá de las enfermedades raras: comparando los genomas de la base de datos con los modelos matemáticos de las tasas de mutación humana, los investigadores han calculado hasta qué punto cada gen puede causar enfermedades graves si sufre mutaciones. Por ejemplo, han identificado qué genes tienen más posibilidades de producir enfermedades graves como la discapacidad intelectual.

Por otro lado, se han descrito mutaciones que provocan una pérdida total de la función del gen. Para su sorpresa han visto que muchas variantes estructurales no provocan el daño esperado. Y han visto que algunos genes son especialmente sensibles a la duplicación, es decir, que tener el gen duplicado es tan perjudicial como la falta de gen.

Además de crear una herramienta pública de diagnóstico, la base de datos puede ayudar al desarrollo de medicamentos. Porque a veces, si un gen no causa daño cuando está inactivo, pero sí cuando aparece la mutación. En estos casos, la inhibición del gen con un medicamento puede ser una buena solución. Destacan la posibilidad de romper este nuevo camino.

De todas formas, han subrayado que la clave para poder predecir el impacto de una mutación es el contexto celular en el que se producen estas variaciones, es decir, en qué porcentaje, que han visto grandes diferencias.

Más allá de la exoma

Más de 100 investigadores han participado en el proyecto gnomAD, liderado por el MIT y los centros de investigación Harvard and Massachusetts General Hospital. Es el resultado de ocho años de trabajo. Los autores destacan el tamaño y la diversidad de la base de datos, con datos de 25.000 personas de origen asiático, 18.000 de origen latino y 12.000 de origen africano o afro-americano.

El proyecto GnomAD contaba con una versión anterior, el proyecto ExAC, que sólo recogía los datos de los exomas. Sin embargo, el proyecto GnomAD ha tratado de recoger no sólo los puntos que codifican los genes, sino también las secuencias de las zonas no codificadoras. De hecho, los exomas o espacios codificadores suponen sólo el 1,5% de nuestro genoma.

Los autores han reconocido que todavía estamos muy lejos de identificar todas las variantes genéticas que suponen una pérdida de función en el ser humano. Sin embargo, consideran que permitirá mejorar la evaluación de enfermedades de base genética. A partir de ahora, además de ampliar la base de datos, el objetivo es relacionar los datos genéticos con la información clínica.