Le projet GnomAD aidera à interpréter les génomes des patients

2020/05/27 Agirre Ruiz de Arkaute, Aitziber - Elhuyar Zientzia Iturria: Elhuyar aldizkaria

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Il est de plus en plus fréquent de séquencer les génomes des patients, mais il est difficile d'interpréter les données et de connaître les dommages qui peuvent causer des mutations apparaissant. Cependant, les experts disposeront désormais d'une ressource importante, car plusieurs revues du groupe Nature ont publié les résultats du projet gnomAD. C'est le plus grand catalogue public de variétés génétiques humaines: Il recueille des données de 140.000 personnes.

L'objectif principal du catalogue est de prédire l'effet physiologique qui peut avoir n'importe quelle mutation apparaissant dans notre génome. Il peut être, entre autres, une base de données de référence pour la recherche sur les maladies rares. Cependant, ils ont dépassé les maladies rares: en comparant les génomes de la base de données avec les modèles mathématiques des taux de mutation humaine, les chercheurs ont calculé à quel point chaque gène peut causer des maladies graves si elle souffre des mutations. Par exemple, ils ont identifié quels gènes ont le plus de chances de produire des maladies graves comme le handicap intellectuel.

D'autre part, des mutations ont été décrites qui provoquent une perte totale de la fonction du gène. À leur grande surprise, ils ont vu que de nombreuses variantes structurelles ne causent pas les dommages attendus. Et ils ont vu que certains gènes sont particulièrement sensibles à la duplication, à savoir qu'avoir le gène dupliqué est aussi préjudiciable que le manque de gène.

En plus de créer un outil de diagnostic public, la base de données peut aider au développement de médicaments. Parce que parfois, si un gène ne cause pas de mal quand il est inactif, mais quand la mutation apparaît. Dans ces cas, l'inhibition du gène avec un médicament peut être une bonne solution. Soulignons la possibilité de briser ce nouveau chemin.

Cependant, ils ont souligné que la clé pour pouvoir prédire l'impact d'une mutation est le contexte cellulaire dans lequel se produisent ces variations, c'est-à-dire dans quel pourcentage, qui ont vu de grandes différences.

Au-delà de l'exome

Plus de 100 chercheurs ont participé au projet gnomAD, dirigé par le MIT et les centres de recherche Harvard and Massachusetts General Hospital. C'est le résultat de huit ans de travail. Les auteurs soulignent la taille et la diversité de la base de données, avec des données de 25.000 personnes d'origine asiatique, 18.000 d'origine latine et 12.000 d'origine africaine ou afro-américaine.

Le projet GnomAD avait une version antérieure, le projet ExAC, qui ne recueillait que les données des exomas. Cependant, le projet GnomAD a essayé de recueillir non seulement les points codant les gènes, mais aussi les séquences des zones non codeuses. En fait, les exomes ou les espaces codeurs ne représentent que 1,5% de notre génome.

Les auteurs ont reconnu que nous sommes encore loin d'identifier toutes les variantes génétiques qui supposent une perte de fonction chez l'être humain. Cependant, ils considèrent qu'il permettra d'améliorer l'évaluation des maladies à base génétique. Désormais, en plus d'élargir la base de données, l'objectif est de relier les données génétiques à l'information clinique.