O proxecto GnomAD axudará a interpretar os xenomas dos pacientes

2020/05/27 Agirre Ruiz de Arkaute, Aitziber - Elhuyar Zientzia Iturria: Elhuyar aldizkaria

• Medikuntza
• Genetika

Cada vez é máis frecuente secuenciar os xenomas dos pacientes, pero logo é difícil interpretar os datos e coñecer o dano que poden causar as mutacións que aparecen. Con todo, a partir de agora, os expertos disporán dun importante recurso, xa que varias revistas do grupo Nature publicaron os resultados do proxecto gnomAD. É o maior catálogo público de variedades xenéticas humanas: Recolle datos de 140.000 persoas.

O obxectivo principal do catálogo é predicir o efecto fisiológico que pode ter calquera mutación que apareza no noso xenoma. Pode ser, entre outras cousas, una base de datos de referencia paira a investigación de enfermidades raras. Con todo, foron máis aló das enfermidades raras: comparando os xenomas da base de datos cos modelos matemáticos das taxas de mutación humana, os investigadores calcularon até que punto cada xene pode causar enfermidades graves si sofre mutacións. Por exemplo, identificaron que xenes teñen máis posibilidades de producir enfermidades graves como a discapacidade intelectual.

Doutra banda, describíronse mutacións que provocan una perda total da función do xene. Paira a súa sorpresa han visto que moitas variantes estruturais non provocan o dano esperado. E han visto que algúns xenes son especialmente sensibles á duplicación, é dicir, que ter o xene duplicado é tan prexudicial como a falta de xene.

Ademais de crear una ferramenta pública de diagnóstico, a base de datos pode axudar ao desenvolvemento de medicamentos. Porque ás veces, se un xene non causa dano cando está inactivo, pero si cando aparece a mutación. Nestes casos, a inhibición do xene cun medicamento pode ser una boa solución. Destacan a posibilidade de romper este novo camiño.

De todos os xeitos, subliñaron que a clave paira poder predicir o impacto dunha mutación é o contexto celular no que se producen estas variacións, é dicir, en que porcentaxe, que viron grandes diferenzas.

Máis aló da exoma

Máis de 100 investigadores participaron no proxecto gnomAD, liderado polo MIT e os centros de investigación Harvard and Massachusetts Xeral Hospital. É o resultado de oito anos de traballo. Os autores destacan o tamaño e a diversidade da base de datos, con datos de 25.000 persoas de orixe asiática, 18.000 de orixe latina e 12.000 de orixe africana ou afro-americano.

O proxecto GnomAD contaba cunha versión anterior, o proxecto ExAC, que só recollía os datos dos exomas. Con todo, o proxecto GnomAD tratou de recoller non só os puntos que codifican os xenes, senón tamén as secuencias das zonas non codificadoras. De feito, os exomas ou espazos codificadores supoñen só o 1,5% do noso xenoma.

Os autores recoñeceron que aínda estamos moi lonxe de identificar todas as variantes xenéticas que supoñen una perda de función no ser humano. Con todo, consideran que permitirá mellorar a avaliación de enfermidades de base xenética. A partir de agora, ademais de ampliar a base de datos, o obxectivo é relacionar os datos xenéticos coa información clínica.